S cieľom naplnenia stanovených princípov transparentnosti a implementácie príslušných právnych predpisov zriadil ústav internetové stránky ÚEE-Transparentnosť. Umožňujú nahliadať a kontrolovať faktúry, zmluvy a objednávky uzatvorené ústavom, informujú o voľných pracovných miestach, startegických dokumentoch, realizovaných projektoch či o organizovaných podujatiach.