V súčasnosti sa výskumná činnosť ústavu zameriava na najprogresívnejšie trendy výskumu etiopatogenézy, diagnostiky a liečby (personalizovanej) vo vybraných oblastiach endokrinológie a metabolizmu s akcentom na odhaľovanie molekulárnych regulačných mechanizmov v zdraví a v chorobe vo vyššie opísaných oblastiach výskumu. Študuje sa najmä:

• genetika monogénových foriem diabetes mellitus, obezity, mitochondriálnej cukrovky s alebo bez bilaterálnej senzorineurálnej poruchy sluchu až hluchoty, vybraných tesaurizmóz, monogénové poruchy oxidácie mastných kyselín, familiárna hypercholesterolémia, či hereditárny hyperinzulinizmus ako aj diagnostika molekulárnych príčin monogénovej cukrovky v rámci ťažkých syndrómov inzulínovej rezistencie, a vyvíjajú sa ďalšie genomické a genetické metodiky na odhaľovanie vzácnych hereditárnych ochorení, ktoré sa radia do kategorie „choroby – siroty“ (t.j. orphant diseases).

• biologické účinky širokého spektra hormónov, cytokínov a ďalších biologicky aktívnych endogénnych molekúl na úrovni DNA, RNA a proteínov v závislosti na ich molekulárnych účinkoch v bunkách, ako v in vivo, tak in vitro systémoch. Výskum sa zameriava aj na skúmanie vplyvu exogénnych látok interferujúcich s činnosťou endokrinného systému (tzv. endokrinné disruptory). Cieľom výskumu je určiť molekulárne mechanizmy podieľajúce sa na vzniku vybraných civilizačných ochorení z oblasti endokrinológie a metabolizmu a zlepšiť, prípadne inovovať diagnostické a terapeutické postupy.

• mechanizmy neuroendokrinných regulácií u vyšších organizmov, so zameraním na objasnenie procesov spojených so stresovou reakciou, a to ako na úrovni génovej expresie, tak aj na úrovni orgánov. Zámerom výskumu je určiť mechanizmy centrálnej a periférnej regulácie činnosti orgánových systémov, zahŕňajúcich kardiovaskulárny a imunitný systém. Sleduje sa aj vplyv záťažových podnetov na činnosť mozgu a jeho plasticitu. Taktiež sa skúma regulačný vplyv nervového systému na nádorový rast. Skúmajú sa aj mechanizmy centrálnej regulácie príjmu potravy.